Tokom zdravog perioda, svakog meseca, žene se oslobađaju membrane endometrijuma, ili endometrijuma. Materijal se izlučuje iz tela mesečnom menstruacijom. Iako bi mnoge žene verovatno želele da odustanu od ovog neprijatnog i ponekad bolnog mesečnog procesa, on je ključ samog života.
Ali kod žena sa endometriozom ćelije iz sluznice materice migriraju odakle pripadaju (unutar materice) u druge delove tela, najčešće u karličnu regiju, u creva, bešiku, jajnike i spoljnu površinu materice. Ovo se ponekad naziva retrogradna menstruacija. Poznato je da takve ćelije tkiva endometrija migriraju čak i u tkivo na rukama i nogama. Iz ovog izmeštenog tkiva razvijaju se izrasline koje reaguju na menstrualni ciklus na isti način kao i sluznica materice. Kao odgovor na hormonske signale, tkivo se nakuplja i osipa svakog meseca,piše Stil
Za razliku od menstrualne krvi, koja izlazi iz tela kroz grlić materice i vaginu, endometrioidno tkivo i ćelije koje izbacuju nemaju načina da pobegnu. Zarobljeni između slojeva tkiva, izazivaju upalu, ožiljke, adhezije i probleme sa crevima.